Organizację wewnętrzną i szczegółowy zakres zadań komórek organizacyjnych określa regulamin organizacyjny nadany przez Prezesa UDT.
Przy Prezesie UDT działa Kolegium UDT. Kolegium UDT jest organem opiniodawczo-doradczym Prezesa UDT w zakresie przygotowywania projektów rozwiązań służących realizacji oraz zwiększaniu efektywności i jakości działań UDT, określonych w art. 37 ustawy.